Valget af område har stor betydning for din oplevelse i Skopje, da byens kvarterer byder på forskellige stemninger og faciliteter. For turister og kulturinteresserede er Centrum det mest populære valg. Her ligger mange seværdigheder og museer tæt på, og du kan nemt opleve byens pulserende liv. Centrum er også velegnet for par og familier, der ønsker nem adgang til restauranter og shopping.
Det nyere område omkring Debar Maalo tiltrækker især unge og solorejsende med dets hyggelige caféer, barer og en autentisk lokal atmosfære. Dette kvarter er mindre turistet, men stadig tæt på centrum.
Forretningsrejsende foretrækker ofte byens forretningsdistrikt tæt ved Sa Osman Pasha og området omkring Alexander den Store-statuen, hvor flere kontorbygninger og konferencefaciliteter findes. Herfra er det smart at kombinere hotelbooking med adgang til transport og mødelokaler.
Familier og gæster på udkig efter fred og natur kan overveje områder nær Vodno-bjerget, som ligger lidt udenfor centrum, men tilbyder roligere omgivelser og smuk natur tæt på byen.