Pisa er relativt lille, og mange af byens vigtigste attraktioner findes i gåafstand fra hinanden, men valget af det område, hvor man vælger at booke et hotel, kan påvirke oplevelsen markant.
Bycentrum og Piazza dei Miracoli er det mest populære område for turister, da man her er tæt på det skæve tårn og museerne. Her finder man både historiske boutiquehoteller og større kæder. Fordelen er nem adgang til de største attraktioner og mange restauranter. Ulempen kan være lidt højere priser og mere travlhed i sæsonen. Dette område passer især til første gangs turister og par, der ønsker at være midt i det hele.
Området omkring stationen er ideelt for forretningsrejsende eller dem, der ønsker nem transport til og fra Pisa lufthavn og andre toscanske byer som Firenze og Lucca. Prisniveauet er ofte mere moderat, og her findes flere praktiske hoteller og gæstehuse. Det er mindre charmerende sammenlignet med centrum, men praktisk for videre rejser.
Elvebredden ved Arno og San Martino er et godt valg for familier og solorejsende, der ønsker en roligere og mere lokal atmosfære. Området har hyggelige caféer og små butikker. Man kan stadig gå til centrum på få minutter, og der er ofte gode muligheder for lejligheder med køkkenfaciliteter.
